2006年，全国实施监测的入海排污口609个，渤海、黄海、东海和南海沿岸分别占17.1%、31.8%、21.5%和29.6%。上述排污口中，工业和市政排污口占77.2%，排污河和其他排污口占22.8%。设置在海水增养殖区的排污口占33.3%，旅游区（度假和风景旅游区）的占11.2%，海洋自然保护区的占1.3%，港口航运区的占33.8%，排污区的占5.6%，其他海洋功能区的占14.8%。
监测结果显示， 2006年实施监测的入海排污口中，约81.4%的排污口超标排放污染物，主要超标污染物（或指标）为化学需氧量（CODCr）、磷酸盐、氨氮、石油类和粪大肠菌群等。
设置在海水增养殖区、旅游区、海洋自然保护区、港口航运区和其他功能区的排污口中，超标排放率分别为80.3%、91.2%、87.5%、79.1%和79.1%。
四个海区中，渤海沿岸超标排放的排污口比例最高，达90.4%，黄海77.3%，东海79.4%，南海88.2%。广西、上海和山东三省（自治区、直辖市）超标排放的入海排污口数量占各自入海排污口数量的比例均超过90%。超标排放的入海排污口主要分布在环渤海沿岸、长江口沿岸和广西沿岸等。
监测与统计结果显示，2006年监测的入海排污口污水排海总量（含部分入海排污河径流，下同）约387亿吨。其中，排入渤海、黄海、东海和南海的分别占总量的12.5%、51.1%、9.1%和27.3%。
2006年，入海排污口排海的主要污染物总量约1 298万吨，其中，CODCr 638万吨，占49.2%；悬浮物598万吨，占46%；氨氮18万吨，磷酸盐4万吨，五日生化需氧量（BOD5）17万吨，油类10万吨，重金属4.6万吨，挥发酚、氰化物、苯胺、硝基苯、铬、硫化物等8.4万吨。上述污染物约有37.8%被排入海水增养殖区，42.6%排入港口航运区，4.4%排入旅游区（度假和风景旅游区）和海洋自然保护区，2.6%排入其他功能区，12.6%排入排污区和污染治理区。
2006年，首次开展了部分入海排污口的特征污染物监测。监测项目包括对海洋生态环境和人类健康威胁较大的持久性有机污染物、环境内分泌干扰物质、国际公约禁排物质及剧毒重金属等。结果显示，排海污水中多环芳烃、有机氯农药、多氯联苯类等持久性有机污染物以及铊、铍、锑等剧毒类重金属普遍检出。
排污口邻近海域生态环境监测与评价结果显示，由于工业和生活污水的大量排海，特别是部分排污口的连续超标排放，致使排污口邻近海域生态环境持续恶化，超过60%的排污口邻近海域生态环境质量处于极差状态；海水污染程度加重，80%以上的监测区域海水质量为四类和劣四类，43%的排污口邻近海域全部为劣四类水质；底栖环境恶劣，沉积物质量大都劣于三类国家标准，底栖生物群落结构退化，耐污种增多，大部分排污口邻近海域底栖经济贝类难以生存，甚至出现了30多平方公里的无底栖生物区。
排污口邻近海域监测结果显示，近150亿吨污水排入海水增养殖区，海域营养盐超标严重，水体呈富营养化状态，70%的监测海域水质不能满足其功能要求，四类和劣四类水质的面积超过55%，适于养殖的水域面积持续缩减，养殖生物体内有毒、有害物质的残留量增高，食用安全性降低。排污导致福建三都湾牡蛎体内铅、镉和粪大肠菌群含量超二类海洋生物质量标准，小清河口海域贝类体内的石油烃、总汞、镉、铅、砷和滴滴涕普遍超标，鳌山湾贝类体内的总汞超标率高达，87.5%。设置在海洋自然保护区沿岸的排污口87.5%向海超标排放污水，保护区局部环境受损，陆源排污对保护对象的威胁加剧。近20亿吨的污水排入滨海旅游区海域，海水粪大肠菌群和病原体含量升高，海域环境遭到污染，健康风险增加。海面漂浮物增多，透明度下降，景观美学受损，娱乐、观光、休闲指数降低。
监测结果表明，绝大部分珊瑚礁、红树林和海草床生态系统处于健康状态，西沙群岛珊瑚礁生态系统，海南东海岸生态监控区内的珊瑚礁、海草床生态系统，广西北海生态监控区内的珊瑚礁、海草床及红树林生态系统以及北仑河口红树林生态系统健康状况良好，雷州半岛西南沿岸珊瑚礁生态系统处于亚健康状态。主要海湾、河口及滨海湿地生态系统处于亚健康或不健康状态。其中锦州湾、莱州湾、杭州湾和珠江口生态系统处于不健康状态，主要表现在富营养化及营养盐失衡，生物群落结构异常，河口产卵场退化，生境丧失或改变等。主要影响因素是陆源污染物排海、围填海侵占海洋生境、生物资源过度开发。连续三年的监测结果表明，我国长江口以北海域生态监控区的水质和生物群落结构略有好转，主要表现在海洋生物的密度和生物量有所恢复；长江口以南海域生态监控区的水质和生物群落结构略有下降，主要表现在水体富营养化呈增高趋势，浮游植物密度偏高，海洋动物的密度和生物量偏低。总体而言，我国近岸海洋生态系统生态环境恶化的趋势仍未得到有效缓解。
双台子河口生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化严重，5月和8月，63%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准，8月，近90%水域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准；溶解氧含量较低，8月，80%水域溶解氧含量未达到二类海水水质标准的要求；石油平台附近水域仍存在一定程度的石油类污染。沉积环境质量总体良好。部分生物体内镉和铅含量偏高。生物群落结构状况一般。8月，浮游植物和浮游动物密度偏低，平均密度分别为3.6×104细胞/立方米和10 863个/立方米；5月和8月，底栖生物栖息密度偏低，平均密度分别为32.3个/平方米和25个/平方米。
连续三年的监测结果表明，双台子河口生态系统健康状况总体上处于恢复状态，生态系统健康指数略有增加。主要表现在：河口近岸水域春季淡水注入量增加，平均盐度由2004年同期的33.32持续降为今年的31.43；生物群落结构和鱼卵、仔鱼逐渐有所恢复。但是，水体富营养化持续加重；部分生物体内镉和铅含量偏高。夏季，浮游植物和浮游动物密度偏低；春、夏季底栖生物栖息密度偏低。陆源排污和不合理的海水增养殖活动是影响双台子河口生态系统健康的主要原因。
锦州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。5月，局部海域无机氮含量超二类海水水质标准；8月，全部海域无机氮含量超二类海水水质标准，局部海域超三类海水水质标准。沉积环境质量较差，受葫芦岛锌厂历史排渣等影响，锦州湾内沉积物污染依然严重。部分生物体内石油类和铅含量较高。锦州湾内沿岸围填海活动频繁，导致栖息地面积有所减小。生物群落结构状况一般，5月，浮游植物密度偏低，浮游动物密度偏高，浮游植物和浮游动物平均密度分别为9.0×104细胞/立方米和25 991个/立方米；鱼卵和仔鱼种类少，密度低；底栖生物栖息密度和生物量偏低。湾内潮间带生物种类和数量明显下降，经济种类濒临灭绝，五里河口滩涂无底栖生物分布。
与2005年相比，锦州湾及邻近海域水体富营养化状态明显好转，活性磷酸盐含量符合一类海水水质标准，无机氮含量降低，超标面积有所减少。生物群落结构变化不大，浮游植物密度、底栖生物栖息密度和生物量、鱼卵和仔鱼等密度依然偏低。与历史调查结果相比，食物链高端的生物量显著下降，生物分布区系向湾口移动，对虾、毛虾、糠虾的分布区已经移到湾口及其近海，湾内生物资源明显减少。陆源污染和围填海工程是影响锦州湾生态系统健康的主要因素。
滦河口—北戴河生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水和沉积环境总体质量良好。部分生物体内镉、铅和砷含量偏高。生物群落结构状况一般，8月，浮游植物密度异常偏高，平均密度达3 265×104细胞/立方米；浮游动物生物量、底栖动物栖息密度和生物量偏高，平均值分别为321毫克/立方米、881个/平方米和52毫克/平方米。5月和8月，文昌鱼栖息密度分别为117尾/平方米和64尾/平方米，生物量分别为12.81克/平方米和5.43克/平方米。
与上年同期相比，2006年文昌鱼栖息密度及生物量均略有减少。2006年8月，浮游植物数量异常增加，平均密度是上年同期的近30倍，导致浮游动物生物量、底栖动物栖息密度和生物量也都相应增加，其中，浮游动物平均生物量是2005年同期平均生物量的2倍，底栖动物栖息密度和生物量分别是上年同期的3倍和2倍。近年来，生态监控区内海水养殖业发展迅速，海水养殖已接近或超过养殖容量，养殖自身污染对滦河口—北戴河生态系统形成了潜在威胁。
渤海湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。5月，30%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；8月，80%水域无机氮含量和30%水域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准，水体呈严重富营养化状态，营养盐失衡。沉积环境总体质量良好。部分生物体内总汞、铅、砷和镉的含量偏高。围填海面积达数10平方公里，栖息地面积减小。生物群落结构状况较差，5月，浮游植物密度偏高，平均密度为78×104细胞/立方米；5月和8月浮游动物密度偏高，平均数量分别为27 176个/立方米和22 748个/立方米；5月，底栖生物栖息密度和生物量偏低，平均值分别为35个/平方米和9克/平方米；产卵场退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低，鱼卵平均密度为6个/立方米，仔鱼平均密度为6尾/立方米。
连续三年的监测结果表明，渤海湾水环境质量出现波动，2006年水环境指数高于2004年，略低于2005年，水体富营养化是影响水环境质量的主要因素。生物群落结构状况变化亦呈相同趋势。大规模围填海工程使天然滨海湿地面积大幅减小，导致许多重要的经济鱼、虾、蟹和贝类等海洋生物的产卵、育苗场所消失，海洋渔业资源遭受严重损害，长途迁徙的鸟类饵料数量减少，削弱了鸟类栖息地的功能，生物多样性迅速下降。陆源污染和围填海工程等是影响渤海湾生态系统健康的主要因素。
莱州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体富营养化严重，营养盐严重失衡，5月，90%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准，8月，近30%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准，近40%水域石油类含量超二类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内总汞、砷、镉、铅和石油类的含量偏高。栖息地状况较差，筑路、护堤、围海造陆、兴建盐田和养殖池塘使滨海湿地面积严重萎缩。生物群落结构状况较差，浮游植物密度偏高，5月和8月浮游植物平均密度分别为31×104细胞/立方米和1 140×104细胞/立方米；5月，浮游动物密度和生物量偏高，平均值分别为79 130个/立方米和304毫克/立方米，底栖生物栖息密度偏低，平均密度为190个/平方米；产卵场严重退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低。
连续三年的监测结果表明，莱州湾生态系统健康状况总体处于恢复状态，生态系统健康指数略有增加。主要表现在水体富营养化面积缩减；生物群落结构略有改善，鱼卵、仔鱼种类与数量增加。但水体富营养化依然严重，石油类含量超标面积有所增加；部分生物体内总汞、砷、镉、铅和石油类的含量偏高。浮游植物和浮游动物密度偏高；底栖生物栖息密度偏低，鱼卵、仔鱼种类与密度依然维持在低水平。陆源排污、围填海工程和不合理养殖活动等是导致莱州湾生态系统不健康的主要因素。
黄河口生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化严重，营养盐严重失衡，5月，90%海域无机氮含量劣于四类海水水质标准，8月，60%海域无机氮含量劣于四类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内总汞、砷、镉、铅和石油类的含量偏高。生物群落结构状况一般，8月，浮游植物密度偏高，平均密度为2 357×104细胞/立方米；5月，底栖动物栖息密度偏低，平均栖息密度为73个/平方米。产卵场退化，鱼卵、仔鱼的种类少，密度低。
连续三年的监测结果表明，黄河口生态系统健康状况总体处于恢复状态，生态系统健康指数明显增加。随着黄河来水量的明显增加，生物群落结构略有改善，浮游植物密度、浮游动物密度和生物量渐趋于正常，底栖生物栖息密度也略有好转。但水体富营养化仍然严重；部分生物体内总汞、砷、镉、铅和石油烃的含量偏高。底栖生物栖息密度偏低，鱼卵、仔鱼种类少，密度低。陆源排污、黄河来水量和过度捕捞等是影响黄河口生态系统健康的主要因素。
苏北浅滩生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体呈富营养化， 20%海域无机氮含量超三类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内镉含量偏高。生物群落结构状况一般，5月，浮游动物密度明显偏低，生物量偏高，平均值分别为3 893个/立方米和2 934毫克/立方米；底栖生物栖息密度和生物量偏低，5月，平均值分别为0.38个/立方米和0.34毫克/立方米，8月，平均值分别为0.14个/立方米和0.16毫克/立方米。鱼卵、仔鱼平均密度分别为128个/立方米和81个/立方米。
连续三年的监测结果表明，苏北浅滩生态系统健康状况总体处于稳定状态，生态系统健康指数变化不大。水体富营养化程度与范围呈下降趋势，鱼卵和仔鱼数量持续增加，底栖生物栖息密度和生物量仍然偏低。陆源排污、滩涂围垦和过度捕捞等是威胁苏北浅滩湿地生态系统健康的主要因素。
长江口生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体富营养化严重，营养盐失衡，60%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；8月，40%海域活性磷酸盐含量劣于四类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内铜、锌、砷、镉和铅含量偏高。长江口栖息地状况一般，全年滩涂围垦4.13平方公里。生物群落结构状况较差，8月，浮游植物密度偏高，平均密度为1 962×104细胞/立方米；浮游动物密度和生物量明显偏低；5月，底栖生物栖息密度和生物量偏高，平均栖息密度和生物量分别为114个/平方米和26克/平方米；产卵场退化，鱼卵、仔鱼的种类少，密度低，平均每百立方米有7个鱼卵和29尾仔鱼。
连续三年的监测结果表明，长江口生态系统健康状况总体处于恢复状态，生态系统健康指数有所增加。长江口水体富营养化范围有所缩减，活性磷酸盐和无机氮劣四类海水水质的海域面积与上年同期相比减少了20%左右。监控区内围填海监管得到加强，2005~2006年，围垦速率降低了89.9%。长江冲淡水区域生物群落结构基本保持稳定。但水体富营养化仍然严重；部分生物体内铜、锌、砷、镉和铅含量偏高。长江口生物群落结构状况总体上仍然较差，长江口门以内区域生物群落结构趋于简单，鱼卵、仔鱼种类少，密度低。陆源排污、长江来水量和滩涂围垦等是威胁长江口生态系统健康的主要因素。
杭州湾生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体呈严重富营养化状态，营养盐失衡，全部水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；4月，近40%水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准，8月，近80%水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准，其中，30%水域劣于四类海水水质标准；4月，近90%水域石油类含量超一类海水水质标准，8月，近40%水域石油类含量超一类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内石油类和铅含量略高。栖息地面积缩减。生物群落结构状况较差，浮游植物密度异常偏高，4月和8月平均密度分别为25 606×104细胞/立方米和34 967×104细胞/立方米；浮游动物密度明显偏低，3月和8月平均密度分别为339个/立方米和825个/立方米；4月，底栖生物栖息密度偏低，平均栖息密度为19个/平方米；产卵场退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低。
连续三年的监测结果表明，杭州湾生态系统始终处于不健康状态，生态系统健康指数变化不大。水体呈严重富营养化状态，营养盐失衡，无机氮含量持续增高，活性磷酸盐含量和超标面积呈下降趋势；石油类含量超一类海水水质标准面积继续扩大；沉积物中多氯联苯含量呈增加趋势。近五年来杭州湾湿地面积每年减少5％以上。生物群落结构状况依然较差，浮游植物密度继续呈上升趋势；浮游动物和底栖生物栖息密度仍然偏低；鱼卵、仔鱼种类少，密度低。陆源排污、滩涂围垦以及长江来水量等是导致杭州湾生态系统不健康的主要因素。
乐清湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体呈严重富营养化状态，营养盐失衡，4月，全部水域无机氮含量劣于四类海水水质标准，8月，20%水域无机氮含量劣于四类海水水质标准；4月，几乎全部水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准，8月，50%水域活性磷酸盐含量超三类海水水质标准，其中，近30%水域劣于四类海水水质标准；4月，30%水域石油类含量超一类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内镉、铅和总汞含量较高。栖息地面积减少，底质环境发生改变。生物群落结构状况一般，浮游植物密度偏高，4月和8月平均密度分别为91×104细胞/立方米和6 454×104细胞/立方米；8月浮游动物密度和生物量偏低，平均值分别为1 608个/立方米和103毫克/立方米；4月，底栖生物栖息密度和生物量偏低，分别平均为6.7个/平方米和1.5克/平方米。
连续三年的监测结果表明，乐清湾生态系统健康状况总体处于稳定状态，生态系统健康指数变化不大。水体呈严重富营养化状态，营养盐失衡，无机氮含量呈增高趋势，活性磷酸盐含量和超标面积呈下降趋势；石油类含量超一类海水水质标准，超标面积较大。生物群落结构状况一般，浮游植物密度持续偏高；浮游动物和底栖生物密度偏低。陆源排污、围海造地、不合理的海岸工程和海水养殖是威胁乐清湾生态系统健康的主要因素。
闽东沿岸生态监控区 生态系统处于亚健康状态。水体有富营养化的倾向，5月，30%水域无机氮含量超三类海水水质标准，其中， 15%水域劣于四类海水水质标准；5月和8月，40%左右水域溶解氧超一类海水水质标准。沉积环境总体质量良好。部分生物体内砷、镉、铅和总汞含量较高。栖息地面积减小。生物群落结构状况一般，浮游植物密度偏高，5月和8月的平均密度分别为1 469×104细胞/立方米和2 112×104细胞/立方米；8月，浮游动物密度偏高，平均密度为8 397个/立方米。遥感监测结果表明主要外来物种互花米草分布面积已达10 000公顷，是十年前的两倍多。
连续三年的监测结果表明，闽东沿岸生态监控区生态系统健康状况总体处于稳定状态，生态系统健康指数变化不大。油类、无机氮和活性磷酸盐含量呈增高趋势。受围填海影
数据年限不够
显著升高
升高 
降低
