2007年5月26日下午15：34时，在南麂新码头（E121°03′28.6″，N27°28′43.6″）、马祖岙、大沙岙等岙口及平屿东发现赤潮，面积约2.0km²，其中以新码头面积最大。赤潮颜色为红褐色，呈团状分布，无异味。经采样鉴定初步判断优势种为具齿原甲藻，密度为8.8*10⁶个/升。当时天气情况阴，有雾，气温21.5℃，水温21.5℃，气压1003.8百帕，东北风2级，海况2级，透明度1.0米，水色16。现市海洋环境监测中心南麂监测站正进行监视、监测。

    目前，我市已进入赤潮高发期，赤潮也逐渐由硅藻赤潮转换为甲藻赤潮，并呈向近岸海域发展的趋势，已波及海水养殖区、海洋保护区等敏感海域，请各地、各单位务必引起高度重视，必要时启动赤潮应急预案，及时指导渔民、养殖户采取相应的防范措施，避免和减少赤潮造成的损失。